Congrès, Workshop, Symposium, Publication sans comité de lecture

 

2014

Bernard A, Guilhot N, Choulet F, Pingault L, Daron J, Paux E, Leroy P (2014) The TriAnnot pipeline and its application to the wheat chromosome 3B annotation. In: European Conference on Computational Biology (ECCB), 7-10 Septembre 2014, Strasbourg, France (Poster)

 

2013

Guilhot N, Theil S, Choulet F, Caron C, Cormier A, Feuillet C, Leroy P (2013) TriAnnot: un outil bioinformatique puissant pour l’identification de genes d’intérêt agronomique dans les génomes des plantes. In: JOBIM, 1-4 Juillet 2013, Toulouse, France (Poster)

 

Leroy P (2013) A pipeline for Structural & Functional Annotation in Plants - TriAnnot. In: Rencontre des Informaticiens Clermontois pour la recherche, June 4th, 2013, Université Blaise-Pascal, Clermont-Ferrand, France. (Talk invited)

 

Leroy P (2013) Annotating triticeae sequences: the TriAnnot pipeline. In: Séminaire Science de la Vie, March 21th, 2013, LIMOS-ISIMA, Université Blaise-Pascal, Clermont-Ferrand, France. (Talk invited)

 

Plomion C, Aury J-M, Amselem J, Belser C, Berges H, Bodénès C, Chancerel E, Ehrenmann F, Faivre-Rampant P, Klopp C, Kremer A, Labadie K, Lalanne C, Leroy P, Lesur I, Martin F, Noirot C, Le Provost G, Quesneville H, Salse J, DaSilva C, Steinbach D, Villate L (2013) Development and use of Genomic Resources to Study Oak Tree Adaptation. In: Plant & Animal Genome XXI, January 12-16, 2013, San Diego, CA (USA). (P0483 – Poster)

 

Choulet F, Theil S, Daron J, Glover N, Guilhot N, Leroy P, Pingault L, Paux E, Sourdille P, Alberti A, Barbe V, Mangenot S, Couloux A, Aury J-M, Bellec A, Berges H, Simkova H, Dolezel J, Alaux M, Quesneville H, Wincker P, Feuillet C (2013) Sequencing and Assembling a Reference Sequence of the 1 Gb Wheat Chromosome 3B. In: Plant & Animal Genome XXI, January 12-16, 2013, San Diego, CA (USA). (W456 - Co-author)

 

Choulet F, Theil S, Guilhot N, Couloux A, Barbe V, Alberti A, Alaux M, Leroy P, Glover N, Daron J, Pingault L, Simkova H, Dolezel J, Bellec A, Berges H, Sourdille P, Paux E, Quesneville H, Wincker P, Feuiller C (2013) Decomplexifying The Bread Wheat Genome: A 1Gb Step Forward. In: Plant & Animal Genome XXI, January 12-16, 2013, San Diego, CA (USA). (W020 - Co-author)

 

2012

Leroy P, Guilhot N, Sakai H, Theil S, Choulet F, Viseux C, Alaux M, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2012) TriAnnot: A High Performance Pipeline for the Automated Structural and Functional Annotation of Plant Genomes - state of arts. In: 7th Japan-French Seminar: Wheat genome Analysis, December 11-12th, 2012, Kyoto University, Japan (Talk invited)

 

Leroy P, Guilhot N, Sakai H, Bernard A, Theil S, Choulet F, Reboux S, Viseux C, Amano N, Giacomoni F, Alaux M, Legeai F, Cerutti L, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2012) Annotating Triticeae sequences: the TriAnnot pipeline. In: 1st transPLANT user training workshop, November 13th, 2012, Versailles, France (Talk-Training invited)

 

Leroy P, Guilhot N, Theil S, Choulet F, Sakai H, Alaux M, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2012) TriAnnot: A high performance pipeline for the automated structural and functional annotation of plant genome – new developments. In: JOBIM, 3-6 Juillet 2012, Rennes, France (Poster)

 

Leroy P, Guilhot N, Theil S, Choulet F, Bernard A, Sakai H, Reboux S, Alaux M, Amano N, Numa H, Tanaka T, Ohyanagi H, Seidel M, Mayer K, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2012) A Versatile and High Performance Pipeline for the Automated Structural and Functional Annotation of  Plant Genomes. In:  TriticeaeGenome – Final Meeting, May 14-16th, 2012, Versailles, France (Talk-invited & Poster)

 

Guilhot N, Leroy P, Theil S, Choulet F, Reboux S, Alaux M, Reichstadt M, Quesneville H, Feuillet C (2012) The TriAnnot automated annotation pipeline: Making sense of the output files and information – a case study. In: Plant & Animal Genome XX, January 14-18, 2012, San Diego, CA (USA). (W422 - Talk)

 

Choulet F, Paux E, Theil S, Leroy P, Guilhot N, Sourdille P, Alaux M, Bellec A, Simkova H, Couloux A, Alberti A, Berges H, Dolezel J, Quesneville H, Wincker P, Feuillet C (2012) Towards a reference sequence of the bread wheat chromosome 3B. In: Plant & Animal Genome XX, January 14-18, 2012, San Diego, CA (USA). (W428 - Co-author)

 

2011

Leroy P, Guilhot N, Sakai H, Bernard A, Choulet F, Pelegrin C, Reboux S, Flutre T, Amano N, Seidel M, Ohyanagi H, Alaux M, Numa H, Tanaka T, Mayer K, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2011) TriAnnot: a user friendly web interface for structural and functional automatic annotation of plant genomes. In: Plant & Animal Genome XIX, January 15-19, 2011, San Diego, CA (USA). (P820 – Poster & Talk)

 

Leroy P, Guilhot N, Sakai H, Bernard A, Choulet F, Pelegrin C, Reboux S, Flutre T, Amano N, Seidel M, Ohyanagi H, Alaux M, Numa H, Tanaka T, Mayer K, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2011) TriAnnot: a user friendly web interface for structural and functional automatic annotation of plant genomes. In: Comparative & Regulatory Genomics in Plants, April 11-12, 2011, Gent, Belgium. (Talk), pp 18.

 

Leroy P (2011) Nouveau paradigme pour l’analyse des données biologique. In: Journées GRISBI 2011, Mai 26, 2011, PRABI-IBCP, Lyon, France. (Talk invited)

 

Leroy P, Bernard A, Guilhot N, Theil S, Alaux M, Reboux S, Inizean O, Choulet F, Sakai H, Tanaka T, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2011) TriAnnot: a high performance pipeline for the automated structural and functional of plant genomes. In: JOBIM, June 28 – July 1er, 2011, Paris, France, pp 217. Eds E. Barillot, C. Froidevaux & E Rocha (Poster)

 

Leroy P (2011) Tentative de mise sur Grille de Calcul du pipeline d’annotation automatique structural et fonctionnel TriAnnot dans le cadre du projet Européen LifeGrid 2006-2008. In: Journée de sensibilisation au calcul intensif en biologie intégrative et écologies, Septembre 14, 2011, Bordeaux, France (Talk invited)

 

Leroy P (2011) TriAnnot - un pipeline parallélisé (cluster) pour l'annotation structurel et fonctionnel des génomes de plantes. In: TWIST meeting, Septembre 19, 2011, Paris, France (Talk invited)

 

Leroy P, Bernard A, Guilhot N, Theil S, Alaux M, Reboux S, Inizean O, Choulet F, Sakai H, Tanaka T, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2011) TriAnnot: a high performance pipeline for the automated structural and functional of plant genomes. In: Anais 28° encontro sobre temas de genetic e malhoramento, Vol 28, “Genomica e bioinformatica”, Outubro 10 – 11, 2011, Piracicaba, SP, Brazil, pp 31. Eds C.B. Monteiro-Vitorello, J.B. Pinheiro, M.L. Carneiro Vieira, G. Bandel, A. De Mello Varani & M. Mendes Brandao (Talk invited)

 

2010

Leroy P, Guilhot N, Sakai H, Choulet F, Seidel M, Ohyanagi H, Bernard A, Pelegrin C, Flutre T, Reboux S, Alaux M, Numa H, Tanaka T, Amano N, Mayer K, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2010) TriAnnot: un pipeline pour l’annotation du génome du blé tendre dans le cadre de l’IWGSC In : JOBIM satellites « Annotations des génomes et génomique comparée » – 10th September 2010, Montpellier, France (Talk)

 

Leroy P, Guilhot N, Sakai H, Choulet F, Seidel M, Ohyanagi H, Bernard A, Pelegrin C, Flutre T, Reboux S, Alaux M, Numa H, Tanaka T, Amano N, Mayer K, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2010) TriAnnot V2.0 a user friendly web interface for monocot genomic sequences automatic annotation. In: JOBIM – 7/9 September 2010, Montpellier, France (Poster)

 

Droc G, Guignon V, Baurens F-C, Jouffe V, Poiron C, Lengellé J, Garsmeur O, Rouard M, Bocs S, Alaux M, Brigitte L, Steinbach D, Kimmel E, Pommier C, Luyten I, Terrier N, Leroy P, Quesneville H, Amselem J, Brault B, Simon A, Dominguez Del Angel V, Hoede C, Fillinger S, Meyer M, Rouxel T, Lebrun M-H, Legeai F, Kerbellec G, Collin O, Gauthier J-P, d’Alençon E, Cousserans F, Fournier P, Tagu D (2010) Community system for structural, functional and comparative annotation dedicated to plant and bioaggressor genomes. In: Séminaires Génoplante – 29/31 Mars 2010, Pont Royal, France. (Poster)

 

Paux E, Rustenholz C, Choulet F, Leroy P, Sourdille P, Feuillet C (2010) Physical mapping and sequencing of the bread wheat chromosome 3B reveal new features of the wheat genome. In: 20th International Triticeae Mapping Initiative, 1-5 September 2010, Beijing, China. [co-author]

 

2009

Leroy P, Rabinowicz P, Wicker T (2009) International IWGSC Wheat Genome Annotation and Bioinformatics Tool Workshop.  Plant & Animal Genome XVII. January 10-14, 2009. San Diego, CA, USA. (Talk invited)

 

Leroy P (2009) Annotation of the Wheat Chromosome 3B. In: Seminar at the University of Haifa, November 4th, 2009, Haifa, Israel (Talk invited)

 

Leroy P, Flutre T, Sakai H, Numa H, Choulet F, Wicker T, Tanaka T, Mayer K, Quesneville H, Itoh T and Feuillet C (2009) TriAnnot: an automatic pipeline for Triticeae genome annotation. In: 19th ITMI workshop – 3rd COST meeting, August 1st – September 4th, 2009, Clermont-Ferrand, France. (Talk invited)

 

Leroy P (2009) Wheat Genetics, Genomics and Genome Annotation. In: Seminar at the University of Georgia, September 16th, 2009, Athens, US (Talk invited).

 

Leroy P, Choulet F, Flutre T, Reboux S, Sakai H, Numa I, Wicker T, Tanaka T, Itoh T, Feuillet C, Quesneville H and Mayer K (2009) Performance and progress in automated Triticeae genome annotation – TriAnnot pipeline. In: Joint COST Tritigene/TriticeaeGenome project workshop, April 22-24, 2009, Gatersleben, Germany. (Talk invited)

 

Paux E, Choulet F, Leroy P, Sourdille P, Saintenac C, Salse J, Appels R, Korol A, Dolezel J, Wicker T, Keller B, Cattonaro F, Morgante M, and Feuillet C (2009) A Physical Map Of Chromosome 3B As A Foundation For Sequencing And Marker Development In Hexaploid Wheat. In: Plant & Animal Genome XVII, January 10-14, 2009, San Diego, CA (USA). (W278 – Co-author)

 

Paux E, Sourdille P, Salse J, Saintenac C, Choulet F, Leroy P, Korol A, Michalak M, Kianian S, Spielmeyer W, Lagudah E, Somers D, Killian AJ, Allaux M, Vautrin S, Berges H, Eversole K, Appels R, Safar J, Simkova H, Dolezel J, Bernard M and Feuillet C (2009) A Glimpse Into The Impossible: A Physical Map Of The 1Gb Chromosome 3B Of Hexaploid Wheat. In: Plant & Animal Genome XVII, January 10-14, 2009, San Diego, CA (USA).  (W297 – Co-author)

 

Rustenholz C, Choulet F, Hedley P, Waugh R, Salse J, Leroy P, Feuillet C, Paux E (2009) Gene space organisation along the bread wheat chromosome 3B. In: International Conference on Polyploidy, Hybridization and Biodiversity, 17-20/05/2009, Saint-Malo, France. (Co-author)

 

Paux E, Rustenholz C, Sourdille P, Salse J, Saintenac C, Choulet F, Leroy P, Korol A, Michalak M, Kianian S, Spielmeyer W, Lagudah E, Somers D, Kilian A, Alaux M, Vautrin S, Bergès H, Eversole K, Appels R, Safar J, Simkova H, Dolezel J, Bernard M, Feuillet C (2009) Deciphering the structure, function and evolution of the wheat genome - Chromosome 3B: a case study. In: "Plant Genomics and Beyond" Conference, 05-08/07/2009, Evry, France. (Poster)

 

Leroy P, Giacomoni F, Bernard A, Sakai H, Reichstadt M, Guilhot N, Choulet F, Reboux S, Alaux M, Flutre T, Caron C, Claude A, Mahul A, Liauzu M, Tanaka T, Numa I, Itoh T, Quesneville H and Feuillet C (2009) Structural And Functional Annotation Of Wheat And Barley Genome Sequences With TriAnnot Pipeline. In: Plant & Animal Genome XVII, January 10-14, 2009, San Diego, CA (USA).  (CP848 – Talk)

 

2008

Leroy P (2008) Développement d’un pipeline d’annotation de séquence génomique d’espèces végétales sur la grille régionale AUVERGRID. Conférence de clôture du programme Régional d’Actions Innovatrices e-nnovergne LifeGrid, 24-25 Novembre 2008, Centre d’Exposition et des Congrès Polydôme de Clermont-Ferrand, France. (Talk invited & Poster)

 

Leroy P (2008) Wheat Genomics & a pipeline for automated annotation of wheat BAC sequences. The 5th Rice Annotation Project Meeting, 14-15 November 2008, AIST Bio-IT Research Building 11F, Tokyo, Japan. (Talk invited)

 

Leroy P (2008) Structural and Functional Annotation of wheat and barley genome sequences with TriAnnot pipeline. In: Abstracts BIOGRALE 2008 ReNaBi GRISBI “Grille, Support pour la bioinformatique”, 6-7 Novembre 2008, Institut de Biologie et Chimie des Protéines, IBCP, Lyon, France. P6. (Talk invited)

 

Paux E, Sourdille P, Salse J, Saintenac C, Choulet F, Leroy P, Korol A, Michalak M, Kianian S, Spielmeyer W, Lagudah E, Somers D, Kilian A, Alaux M, Vautrin S, Bergès H, Eversole K, Appels R, Safar J, Simkova H, Dolezel J, Bernard M, Feuillet C (2008) A glimpse into the impossible: Chromosome-based physical mapping of the giant bread wheat genome. In: Proceedings of the 2nd Workshop TritiGen COST action FA0604, 22-24 September 2008, Albena, Bulgaria. Eds. N.K. Christov and E.G. Todorovska. pp 57 (S02.5 Co-author)

 

Paux E, Sourdille P, Salse J, Saintenac C, Choulet F, Leroy P, Korol A, Michalak M, Kianian S, Spielmeyer W, Lagudah E, Somers D, Kilian A, Alaux M, Vautrin S, Bergès H, Eversole K, Appels R, Safar J, Simkova H, Dolezel J, Bernard M, Feuillet C (2008) Deciphering the structure, function and evolution of the wheat genome - Chromosome 3B: a case study. In: Research Institute for Bioresources Symposium. 5th December 2008, Kurashiki, Japan (Co-author)

 

Paux E, Sourdille P, Salse J, Saintenac C, Choulet F, Leroy P, Korol A, Spielmeyer W, Lagudah E, Somers D, Kilian A, Alaux M, Bergès H, Appels R, Dolezel J, Bernard M, Feuillet C (2008) The big B of bread wheat -3B- exploring the structure, function and evolution of the hexaploid wheat genome. In: Proceedings of the 11th International Wheat Genetics Symposium, 24-29 August 2008, Brisbane, QLD, Australia. Eds. R. Appels, R. Eastwood, E. Lagudah, P. Langridge, M. Mackay, L. McIntyre and P. Sharp, Sydney University Press. pp 1- 5 (Co-author)

 

Sourdille P, Paux E, Saintenac C, Choulet F, Salse J, Leroy P, Dolezel J, Feuillet,C (2008) Genomics of cereals: an overview. In: Proc NEPAD Biotechnology Workshop, 28-30 November 2008, Ezzahra, Tunisie (Co-author)

 

Blanc-Lenfle I, Karsenty E, Alaux M, Kimmel E, Pommier C, Luyten I, Mohellibi N, De Oliviera Y, Steinbach-Samson D, Sapet F, Duarte J, Dugas O, Viau L, Granier F, Liens B, Rossignol M, Leroy P, Joets J, Vescovo L, Montalent P, Just J, Chalhoub B, Lambert S, Mangin B, Ruiz M, Droc G, Courtois B, Grimault N, Brunel D (2008) BIEP : Bioinformatics Integrated Environment for Plant Genomics. In: Séminaire 2008 GENOPLANTE. Arles, 1-3 Avril 2008. pp 66 (Poster)

 

Sidibé-Bocs S, Alaux M, Amselem J, Tagu D, Fournier P, Leroy P (2008) Structural and functional annotation platform supported by comparative genomics and dedicated to plant and bio-aggressor genomes. In: Séminaire 2008 GENOPLANTE. Arles, 1-3 Avril 2008. pp 84 (Poster)

 

Leroy P, Reichstadt M, Giacomoni F, Charpentier C, Alaux M, Reboux S, Claude A, Liazu M, Tanaka T, Itoh T (2008) TriAnnotPipelineGRID, a tool for the automated annotation of wheat BAC sequences. In : The 3rd EGEE User Forum, 11-14 Février 2008, Le Polydôme, Clermont-Ferrand, France (Talk F. Giacomoni – Life Sciences session). http://indico.cern.ch/contributionDisplay.py?contribId=25&sessionId=4&confId=22351

 

Paux E, Sourdille P, Salse J, Saintenac C, Choulet F, Leroy P, Korol A, Spielmeyer W, Appels R, Dolezel J, Bernard M, Feuillet C (2008) Physical mapping in a giant genome : a chromosome landing-ready physical map of chromosome 3B of hexaploid wheat. In: Plant & Animal Genome XVI, January 12-16, 2008, San Diego, CA (USA). p. 65 (W272 – Co-author)

 

Wicker T, Sabot F, Hua-Van A, Bennetzen JL, Capy P, Chalhoub B, Flavell A, Leroy P, Morgant M, Panaud O, Paux E, SanMiguel P, Schulman AH (2007) A unified classification system for eukaryotic transposable elements. In: Plant & Animal Genome XVI, January 12-16, 2008, San Diego, CA (USA). p. 114 (W500 – Co-author)

 

 

2007

Leroy P, Legeai F, Alaux M, Reboux S, Bernard A, Reichstadt M, Claude A, Liazu M, Tanaka T, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2007) Structural and comparative genomics in bread wheat : the TriAnnoPipeline, a tool for the automated annotation of BAC sequences. In : The 5th International Symposium of Rice Functional Genomics, October 15-17th, 2007, Epochal, Tsukuba, Japan (Talk C5-03)

 

Leroy P, Legeai F, Alaux M, Reboux S, Bernard A, Reichstadt M, Claude A, Liazu M, Tanaka T, Itoh T, Quesneville H, Feuillet C (2007) Structural and comparative genomics in bread wheat : the TriAnnoPipeline, a tool for the automated annotation of BAC sequences. In : The 5th Japanese-French seminar on “Food safety, novel food, and sustainable environment to promote animal and human health”, October 10-12th, 2007, Hotel Kagetsuen, Hakone, Japan (Talk invited pp17-20)

 

Leroy P, Legeai F, Gicquello E, Bernard A, Sapet F, Houis B, Laubin B, Cerutti L, Guilhot N, Feuillet C (2007) Structutal & comparative genomics in wheat – the TriAnnot Project. In: Plant & Animal Genome XV, January 13-17, 2007, San Diego, CA (USA). p. 319 (Poster P872) - http://www.intl-pag.org/15/abstracts/PAG15_C01_945.html

 

Leroy P, Legeai F, Gicquello E, Laubin B, Cerutti L, Feuillet C (2007) The TriAnnotPipeline for wheat BAC automatic annotation. In: Plant & Animal Genome XV, January 13-17, 2007, San Diego, CA (USA). p. 337 (Computer Demo - Talk P914) - http://www.intl-pag.org/15/abstracts/PAG15_C01_945.html

 

2006

Paux E, Sourdille P, Salse J, Leroy P, Bartos J, Mestiri I, Chalhoub B, Quetier F, Bernard M, Dolezel J, Feuillet C (2006) A chromosome based strategy to decipher the structure and evolution of the hexaploid wheat genome: chromosome 3B, a case study. In: The Biology of Genomes, May 10-14, Cold Spring Harbor, New-York (USA). p. 240 (Poster)

 

Henry AM, Leroy P (2006) Development of an integrated bioinformatics environment for plant genomics. In: Séminaire Génoplante, 3-5 Avril 2006, Arles (France). pp. 96-97 (Poster)

 

Alaux M, Chetouani F, Steinbach-Samson D, Leroy P, Falque M, Adam-Blondon A-F, Delourme R, Hanneton L, Karsenty E, Kimmel E, Legeai F, Thomas B, Viau L, Scala D, Artiguenave F (2006) Development of an bioinformatic environment for plant genomics. In: Séminaire Génoplante, 3-5 Avril 2006, Arles (France). pp. 104-105 (Poster)

 

Leroy P, Legeai F, Gicquello E, Bernard A, Sapet F, Houis B, Laubin B, Cerutti L, Guilhot N, Feuillet C (2006) Développement d’un site Web : TriAnnotProject pour l’annotation automatique et l’archivage de séquences génomiques de la famille des Triticeae. In : Rencontres Scientifiques du DGAP, 25-27 Septembre 2006, Batz-sur-Mer. (Poster P CT1-3) – (Talk 3 minutes présentation poster)

 

Leroy P, Legeai F, Gicquello E, Itoh T, Feuillet C (2006) Structural and comparative genomics in bread wheat, the TriAnnotPipeline project. In: 4th INRA/MAFF French-Japanese Seminar on Food Safety, Novel Food, and Sustainable Environment to promote Animal and Human Health. October 12-14, 2006, IECB Conference Hall, Pessac, France. (Talk invited)

 

2005

Merlino, M., Leroy, P., Chambon, C., Branlard, G. (2005) Cartiographie et identification par spectrométrie de masse des albumines-globulines du grain de blé. In : 1er Symposium de Chimie et Biologie Analytiques de la molécule au protéome, 26-29/09/2005, Corum – Montpellier (France), p. 193 (Poster)

 

Dos Santos, C.L.N., Leroy, P., “A new visualization tool for Bio-Analysis: Application, to wheat and rice comparative genomics,” In : Open International Conference on Modeling and Simulation, 13-15/06/2005, Clermont-Ferrand (France), pp. 365-375, 2005. (Talk Dos Santos C.L.N.) - RG

 

Sourdille, P., Salse, J., Paux, E., Boyer, D., Pateyron, S., Paillard, S., Leroy, P., Beckert, M., Berbard, M., Chalhoub, B., Feuillet, C. (2005) Analysis of the Structure, Function and Evolution of chromosome 3B of Bread Wheat. In Plant & Animal Genome XIII, 15-19/01/2005, San Diego, CA (USA), p41. (Workshop IGROW – Talk C. Feuillet)

 

Chantret, N., Salse, J., Sabot, F., Rahman, S., Bellec, A., Laubin, B., Dossat, C., Sourdille, P., Joudrier, P., Gautier, M-F., Cattolico, L., Beckert, M., Aubourg, S., Weissenbach, J., Caboche, M., Bernard, M., Leroy, P., Chalhoub, B. (2005) Precise popyploidy-related mechanisms in Triticum species. In Plant & Animal Genome XIII, 15-19/01/2005, San Diego, CA (USA), p66. (Workshop Polyploidy - Talk Chalhoub B.)

 

2004

Leroy, P., Amilhat, L., Cerutti, L., Flament, M-H., Laubin, B., Simon, D., Bastide, C., Praud, S., Dufour, P. (2004) Bio-informatics to explore Génoplante genomic data obtained from the wheat thematic. In : Séminaire Génoplante 2004, 20-22/09/2004, Lyon (France), pp 188-189 (Poster)

 

Ravel C, Balfourier F, Brunet D, Chalhoub B, Goldringer I, Bonnin I, Leroy, P, Poncet C, Santoni S, Sourdille P, David J. (2004) SNP discovery in Triticeae. In Plant & Animal Genome XII, 10-14/01/2004, San Diego, CA (USA), p145.

 

Sabot F, Laubin B, Amilhat L, Leroy, P, Sourdille P, Bernard M (2004) Evolution history of the Triticum sp. Through the study of transposable elements. In Plant & Animal Genome XII, 10-14/01/2004, San Diego, CA (USA), p176.

 

Aubourg, S., Brunaud, V., Bruyère, C., Cock, M., Cooke, R., Cottet, A., Couloux, A., Déhais, P., Deléage, G., Drouard, L., Duclert, A., Echeverria, M., Eschbach, A., Falconet, D., Filippi, G., Gaspin, C., Geourjon, C., Grienenberger, J-M., Guermann, B., Houlné, G., Jamet, E., Lechauve, F., Leleu, O., Leroy, P., Mache, R., Meyer, C., Nedjari, H., Negrutiu, I., Orsini, V., Peyretaillade, E., Pommier, C., Raes, J., Risler, J-L., Rivière, S., Rombauts, R., Rouzé, P., Schneider, M., Schwob, P., Small, I., Soumayet-Kampetenga, G., Stankovski, D., Toffano, C., Tognolli, M., Caboche, M. and Lecharny, A. (2005) GENEFARM, structural and functional annotation of Arabidopsis gene and protein families by a network of experts. In : PlantGEMs, 22-25/09/2004, Lyon (France), pp 283 (Poster)

 

Aubourg, S., Brunaud, V., Bruyère, C., Cock, M., Cooke, R., Cottet, A., Couloux, A., Déhais, P., Deléage, G., Drouard, L., Duclert, A., Echeverria, M., Eschbach, A., Falconet, D., Filippi, G., Gaspin, C., Geourjon, C., Grienenberger, J-M., Guermann, B., Houlné, G., Jamet, E., Lechauve, F., Leleu, O., Leroy, P., Mache, R., Meyer, C., Nedjari, H., Negrutiu, I., Orsini, V., Peyretaillade, E., Pommier, C., Raes, J., Risler, J-L., Rivière, S., Rombauts, R., Rouzé, P., Schneider, M., Schwob, P., Small, I., Soumayet-Kampetenga, G., Stankovski, D., Toffano, C., Tognolli, M., Caboche, M. and Lecharny, A. (2004) The GENEFARM project, structural and functional annotation of Arabidopsis gene and protein families by a network of experts. In : Séminaire Génoplante 2004, 20-22/09/2004, Lyon (France), pp 124-125 (Poster)

 

Sourdille, P., Gandon, B., Chiquet, V., Nicot, N., Amilhat, L., Legeai, F., Leroy, P., Murigneux, A., Bernard, M. (2004) Development of new molecular markers for improvement of the wheat genetic map. In : Séminaire Génoplante 2004, 20-22/09/2004, Lyon (France), pp 181-182 (Poster)

 

2003

Amilhat L, Leroy P (2003) Highlight of the first putative 4-coumarate CoA ligase mRNA in wheat by EST annotation. . In: Proceedings of the Tenth International Wheat Genetics Symposium, 1-6 September 2003, Pastum, Italy. pp 922 (poster)

 

Laubin B, Nicot N, Amiour N, Sourdille P, Branlard G, Leroy P (2003) In silico mapping and colinearity between the homoeologous group 5 of wheat and the rice genome. In: Proceedings of the Tenth International Wheat Genetics Symposium, 1-6 September 2003, Pastum, Italy. pp 280 (Talk – P. Leroy)

 

Nicot N, Chiquet V, Gandon B, Spécel S, Amilhat L, Leroy P, Legeai F, Foisset N, Dufour P, Bernard M, Sourdille P (2003) SSR marker development from low copy wheat sequences. In: Proceedings of the Tenth International Wheat Genetics Symposium, 1-6 September 2003, Pastum, Italy. pp 1017 (poster)

 

Nicot N, Chiquet V, Gandon B, Spécel S, Amilhat L, Leroy P, Burr B, Blewitt M, Foisset N, Dufour P, Bernard M, Sourdille P (2003) Genetic mapping of SSR sequences isolated from wheat genomic DNA libraries. In: Proceedings of the Tenth International Wheat Genetics Symposium, 1-6 September 2003, Pastum, Italy. pp 1014 (poster)

 

Amilhat L, Boissonnet F, Cerutti L, Flament M-H, Laubin B, Peyretaillade E, Simon D, Leroy P, Charmet G, Bahrman N, Le Gouis J, Dedryver F, Bastide C, Dufour P, Chataignier V, Giardella D, Lardier G, Sajot N, Gigonzac O, Karsenty E, Legeai F, Samson D (2003) Bio-analysis of annotated wheat Génoplante sequences and in silico mapping. In: Séminaire 2003 GENOPLANTE. Futuroscope de Poitiers, 18-20 Mars 2003. pp 131 (poster)

 

Nicot N, Chiquet V, Gandon B, Spécel S, Amilhat L, Leroy P, Legeai F, Foisset N, Dufour P, Bernard M, Sourdille P (2003) SSR marker development from low copy wheat sequences. In: Séminaire 2003 GENOPLANTE. Futuroscope de Poitiers, 18-20 Mars 2003. pp 126 (poster)

 

Nicot N, Chiquet V, Gandon B, Spécel S, Amilhat L, Leroy P, Burr B, Blewitt M, Foisset N, Dufour P, Bernard M, Sourdille P (2003) Genetic mapping of SSR sequences isolated from wheat genomic DNA libraries. In: Séminaire 2003 GENOPLANTE. Futuroscope de Poitiers, 18-20 Mars 2003. pp 125 (poster)

 

Filippi G, Brunaud V, Cock M, Cooke R, Déhais P, Deléage G, Echeverria M, Falconet D, Gaspin C, Geourjon C, Grienenberger JM, Houlne G, Lecharny A, Leroy P, Mache R, Meyer C, Negrutiu I, Risler J-L, Samson D, Schneider M, Small I, Toffano C, Caboche M, Rouzé P, Aubourg S (2003) The GENEFARM project: structural and functional annotation of Arabidopsis gene and protein families by a network of experts. In: Séminaire 2003 GENOPLANTE. Futuroscope de Poitiers, 18-20 Mars 2003. pp 107 (poster)

 

Albini G, Chetouani F, Rouillé S, Legeai F, Thomas B, Karsenty E, Samson D, Falque M, Flament M-H, Joets J, Artcade A, Charcosset A, Leroy P, Martinant J-P, Scala D, Murigneux A, Decousset L, Brunel D, Aubourg S, Courtois B, Lorieux M, Chalhoub B, Barillot E, Duclert A (2003) Sotware development for genetic/physical map storage, visualization and analysis. In: Séminaire 2003 GENOPLANTE. Futuroscope de Poitiers, 18-20 Mars 2003. pp 103 (poster)

 

Dufour P, Foisset N, Bernard M, Sourdille P, Ravel C, Charmet G, Leroy P, Chalhoub B, Joudrier P, Sarda X, Chatterjee M (2003) The development of genomic tools to support the study of agronomic traits in bread wheat. In: Séminaire 2003 GENOPLANTE. Futuroscope de Poitiers, 18-20 Mars 2003. pp 37 (abstract)

 

Aubourg S, Filippi G, Brunaud V, Cock M, Cooke R, Déhais P, Deléage G, Echeverria M, Falconet D, Gaspin C, Geourjon C, Grienenberger JM, Houlne G, Lecharny A, Leroy P, Mache R, Meyer C, Negrutiu I, Risler J-L, Samson D, Schneider M, Small I, Toffano C, Caboche M, Rouzé P (2003) The GENEFARM project: structural and functional annotation of Arabidopsis gene and protein families by a network of experts. In: Séminaire 2003 GENOPLANTE. Futuroscope de Poitiers, 18-20 Mars 2003. pp 16 (abstract)

 

Sabot F, Laubin B, Amilhat L, Leroy P, Bernard M (2003) Bread wheat evolutionary history and transposable elements. In: 3rd worksho, ESF scientific network : retrotransposons: their impact on organisms, genomes and biodiversity. (poster).

 

Leroy, P. (2003) Les enjeux de la bioinformatique pour la génétique et la génomique des plantes. In Colloque « Bioinformatique en I.U.T. : une nouvelle formation pour un nouveau métier », 19-20/02/2003, Aurillac (France), p 7 (Talk)

 

2001

Cerutti L, Dufour P, Leroy P (2001) Bio-informatics to explore genomics data in wheat. In: Séminaire 2001 GENOPLANTE. Futuroscope de Poitiers, 1-3 Octobre 2001. pp 127 (abstract - poster)

 

1999

Dupre C, Gandeboeuf D, Leroy P, Chevalier G (1999) Taxonomie et systématique biochimique et moleculaires de quelques espèces de truffes (Tuber SP.). In : Vem Congrès International Science et Culture de la Truffe, 4-6 Mars 1999, Aix en Provence, France. (article)

 

Branlard G, Charbonnier C, Leroy P, Saulnier L (1999) Genetic analysis of pentosans in bread wheat endosperm. In: 6th International Wheat Conference, 4-9 June 2000, Budapest, Hungary. (abstract)

 

1998

Leroy P (1998) Cartographie génétique moléculaire du génome du blé tendre. Industrie des Céréales 106 :5-9.

Pavy N, Daluvuri VR, Rombauts S, Mathe C, Leroy P, Rouze P (1998) Evaluation of gene prediction programs available for Arabidopsis sequences. In : Société Belge de Biochimie, Gent (UG), 21 Novembre 1998. (abstract)

 

1997

Leroy P, Nègre S, Tixier MH, Perretant MR, Sourdille P, Gay G, Bernard M, Coville JL, Quétier F, Nelson C, Sorrells M, Marino CL, Hart G, Friebe B, Gill BS, Röder M (1997) A genetic reference map for the bread wheat genome - Triticum aestivum L. em. Thell. In : Progress in genome mapping of wheat and related species: Joint proceedings of the 5th and 6th public workshops of the International Triticeae Mapping Initiative, 1-3 September 1995, Norwich UK and 30-31 August 1996, Sydney Australia. Report No. 18. University of California Genetic Resources Conservation Program, Davis CA USA. McGuire, PE and Qualset CO eds. P134-140. (paper)

 

Leroy P, Tixier MH, Charef B, Loussert A, Gay G, Sourdille P, Charmet G, Bernard M (1997) Les microsatellites, une nouvelle génération de marqueurs moléculaires pour l'analyse génétique et la sélection assistée par marqueurs (SAM) chez le blé tendre - ITMImap & IWMMN. In : VIème Réunion FTMI, 24 Juin 1997, Clermont-Ferrand (abstract).

 

1995

Leroy P, Lu YH, Merlino M, Nègre S, Atkinson M, Bernard M, Quétier F, Nelson JC, Sorrells ME (1995) Genetic molecular mapping of the bread wheat nuclear genome. In : The International Conference on the Plant Genome III, San Diego, 15-19 January 1995, USA - Abstract.

 

Leroy P, Lu YH, Atkinson M, Merlino M, Nègre S, Caissard JC, Bonhomme, Bernard M, Quétier F, Coville JL (1995) French Triticeae Mapping Initiative. Genomic Pst1 DNA library construction and RFLP analysis in wheat. In: Progress in genome mapping of wheat and related species; Proceeding of the 4th public workshop of the International Triticeae Mapping Initiative, San Diego CA, USA, 22-23 January 1994. Report N°. 15. McGuire PE, Qualset CO (eds). University of california Genetic Resources Conservation Program, Davis, CA - pp 19-25.

 

Leroy P, Lu YH, Merlino M, Atkinson M, Ortion B, Nègre S, Perretant MR, Gay G, Bernard M (1995) Cartographie génétique moléculaire du génome du blé tendre. Bilan et perspectives. In: Méribel, Mars 1995. pp 34-45

 

Leroy P, Nègre S, Tixier MH, Perretant MR, Sourdille P, Gay G, Bernard M, Coville JL, Quétier F, Nelson C, Sorrells M, Marino CL, Hart G, Friebe B, Gill BS, Röder M (1995) A genetic reference map for the bread wheat genome - Triticum aestivum L. em. Thell. In: 1996 Public Workshop - ITMI, August 30-31, Sydney, Australia. S2 (abstract)

 

Leroy P, Nègre S, Tixier MH, Perretant MR, Sourdille P, Gay G, Bernard M, Coville JL, Quétier F, Nelson C, Sorrells M, Marino CL, Hart G, Friebe B, Gill BS, Röder M (1995) A genetic reference map for the bread wheat genome - Triticum aestivum L. em. Thell. In: 6th International Gluten Workshop, September 1-6, Sydney, Australia. p47 (abstract)

 

1994

Leroy P, Boeuf C, Merlino M, Volatier C, Nègre S, Giroux M, Bernard M (1994) Characterization of two sets of bread wheat genotypes by two sets of RFLP probes. In: Proceedings of the genetic ressources section meeting of Eucarpia, 15-18 march, 1994, Clermont-Ferrand, France. p 231

 

Leroy P, Lu YH, Merlino M, Nègre S, Bonhomme A, Atkinson M, Bernard M (1994) French Triticeae Mapping Initiative - FTMI : Genomic Pst1 DNA library construction and RFLP analysis in wheat. In: The International Conference on the Plant Genome II, San Diego, 24-27 January 1994, USA - Abstract.

 

1993

Leroy P, Bernard M, Bernard S, Branlard G, Jestin L, Rousset M, Nicolas P, Doussinault G, Jahier J, Trottet J, Joudrier P, Gautier MF, Quétier F, Hartmann C, Sissoef I (1993) French Triticeae Mapping Initiative. In Progress in genome mapping of wheat and related species; Proceeding of the 3nd public workshop of the International Triticeae Mapping Initiative,Mexico, DF : CIMMYT.

 

Leroy P, Lu YH, Atkinson M, Merlino M, Nègre S, Caissard JC, Bernard M, Quétier F, Hartmann C, Lejeune B, Rode A, Sissoef I (1993) FTMI - French Tritceae Mapping Initiative. A wheat genetic RFLP mapping programme - GENOBLE Phase I. In: the Proceedings of the Heighth International Wheat Genetic Symposium, Volume 2., LI Z.S, Xin Z.Y eds, Beijing, China. pp 771-774

 

1992

Leroy P, Bernard M, Bernard S, Branlard G, Rousset M, Nicolas P, Thiellement H, Doussinault G, Jahier J, Joudrier P, Gautier MF, Quétier F, Hartmann C (1992) French Triticeae Mapping Initiative. In: Progress in genome mapping of wheat and related species; Proceeding of the 2nd public workshop of the International Triticeae Mapping Initiative, Manhattan, kansas, 1991, Gill BS, Raupp WS and Corke H (eds) - pp 58-59.

 

Leroy P, Bernard M, Bernard S, Branlard G, Rousset M, Nicolas P, Thiellement H, Doussinault G, Jahier J, Joudrier P, Gautier MF, Quétier F, Hartmann C (1992) French Triticeae Mapping Initiative. In: The International Conference on the Plant Genome I, San Diego, 9-11 November 1992, USA - Abstract.

 

1988

Leroy P (1988) Inbred identification with RFLP. In: The Second International Congress of Plant Molecular Biology, 13/18 Nov., Jerusalem, Israël. (poster)

 

1986

Leroy P (1986) Molecular analysis of mitochondrial genome of Helianthus annuus in relation to cytoplasmic male sterility and phylogeny. In: International Symposium on Plant Molecular Biology, 8/11 Juin, Strasbours, France. (poster)

 

1985

P. Leclercq, Leroy P (1985) Study of mitochondrial DNA of sunflower : comparison between male sterile and male fertile cytoplasms. In: Xièm Conférence Internationale du Tournesol, 10/13 Mars, Mar del Plata, Argentine. (Talk – P. Leclerq)

 

1984

Leroy P (1984) Stérilité mâle cytoplasmique du tournesol (Helianthus annuus). In : Analyse moléculaire de l'ADN mitochondrial. XI Forum des Jeunes Chercheurs, 4/7 Sept., Grenoble, France. (présentation)

 

Leroy P (1984) Comparative study of mitochondrial DNA between S and F cytoplasms of an isogenic sunflower couple HA89, (Helianthus annuus). A simplified procedure for investigating sunflower mitochondrial DNA. In: Colloque CNRS-INRA "Biologie Moléculaire Végétale", 17/20 Juin, Paris, France. (poster)

 

1983

Leroy P (1983) Circular plasmids in Vicia faba mitochondrial DNA. In: 23rd Annual meeting. The American Society for Cell Biology. 29 Nov. / 3 Dec., San Antonio, Texas, USA. (abstract)

 

Leroy P (1983) Characterisation of chloroplastic and mitochondrial DNA of normal and cytoplasmic male sterile lines of Sunflower (Helianthus annuus). In: Research and Training Programme in Biomolecular Engineering. 7/9 Nov., Louvain-la-Neuve, Belgique. (abstract)

 

 

 


Encadrement Scientifique et Projets

 

Organisation et Animation Colloques Régionaux

29 Octobre 2014 - Pôle Physique, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand

« Structuration de la Bioinformatique en Auvergne et Organisation du congrès JOBIM 2015 à Clermont-Ferrand »

(~40 participants)

 

Organisation et Animation Colloques Nationaux

July 6-9th 2015 - en préparation

JOBIM à Clermont-Ferrand, France – Co-Président Comité Logistique

http://www.inra.fr/jobim2015

 

Organisation et Animation Workshop Internationaux

January 2009

Plant & Animal Genome XVII, San Diego, USA – parallel workshop January 13th 2009 --- 13.30 – 18.00

Leroy P, Rabinowicz P, Wicker T

International IWGSC Wheat Genome Annotation and Bioinformatics Tool Workshop

http://www.intl-pag.org/17/17-iwgsc2.html

 

January 2009

XIXème Workshop International ITMI à Clermont-Ferrand, France

http://www1.clermont.inra.fr/umr1095/itmi2009/downloads.php

 

Coordination Internationale

IWGSC Triticeae Annotation Group (2004-2006)

The annotation group has two co-chairs: Philippe Leroy (leroy@clermont.inra.fr) and Thomas Wicker (wicker@botint.uzh.ch). http://www.wheatgenome.org/tools.php

 

JURY HDR

2012  - Rapporteur – Manuel Ruiz – CIRAD, Montpellier, HDR de l’Université des Sciences et techniques du Languedoc, Montpelier II.

2008 - Rapporteur – Brigitte Courtois – CIRAD, Montpelier, HDR de l’Université des Sciences et techniques du Languedoc, Montpelier II.

 

PostDoc

2006 - C. Muller - CDD - Programme Génoplante BiIntEnvPg, Développement d’un jeu de données de gènes expertisés pour l’entraînement du prédicteur de gène EUGENE - (8 mois)

2004 - 2005 - C. Luiz Numes dos Santos (projet de collaboration avec l’ISIMA – D. HILL) – Développement d’une interface graphique dynamique pour une approche de génomique comparative (Cartographie In Silico) entre les génomes de blé tendre et de riz. Collaboration toujours en cours en 2007.

2000 - L. Cerutti - CDD - Programme Génoplante, Plate forme d’annotation de BAC et d’ESTs - recrutement Biogemma (8 mois)

2000 - E. Peyretaillade - CDD - Programme Génoplante. Ré annotation de gènes - recrutement NFS

1992 - M. Atkinson - Développement du logiciel de saisie et de gestion des données de génétique moléculaire "LEBOUQUIN" (Système pour la Lecture et l'Enregistrement de données du Blé et de l'Orge et un Utilitaire pour QUestionner avec une Interface Naturelle). (18 mois).

 

THESE

1993 - P. Sourdille - Les marqueurs moléculaires de type RFLP chez l'espèce maïs (Zea mays L.) et leur utilisation en cartographie et en recherche de QTL impliqués dans la précocité.

1993 - A. Murigneux - Caractérisation agro morphologique et moléculaire des haploïdes doublés de maïs. Identification de régions chromosomiques impliquées dans le déterminisme de l'androgénèse In Vitro.

                Co-direction avec M. Beckert (INRA)

1992 - S. Baud - Recherche de corrélations entre marqueurs moléculaires de type RFLP et caractères agronomiques chez Zea mays.

 

 

 

 

 

 

JURY DE THESE

2013 - Rapporteur – Nizar Fawal – Automatic Annotation of multigene families, the case of peroxidases. Université Paul Sabatier de Toulouse III

2005 - Rapporteur - Cédric Muller - Développement d’une méthodologie d’analyse de la conservation de synténie chez les plantes. Institut National Polytechnique de Toulouse

2004 - Rapporteur - D. Chagné - Développement de marqueurs moléculaires chez le pin maritime et cartographie génétique comparée des conifères. Université Poincaré, Nancy

1993 - Examinateur - P. Sourdille – Les marqueurs moléculaires de type RFLP chez l’espèce maïs (Zea mays L.) et leur utilisation en cartographie et en recherche de QTL impliques dans la précocité. Université Paris XI, Orsay

 

DEA – Master II

1996 - MH. Tixier - Incrémentation de la carte génétique du blé tendre par des marqueurs de type microsatellite.

1989 - P. Sourdille - Distance génétique chez le maïs. Le Polymorphisme de Longueur des Fragments de Restriction (RFLP) : un nouvel outil.

1986 - S. Tixier - Utilisation de sondes froides pour la détection du polymorphisme de restriction des ADN ribosomiques chez le maïs.

 

MAITRISE – Master I

2003 - C. Simon – Etude structurale et fonctionnelle de la famille des déhydrines chez quatre espèces de graminées.

2001 - F. Boissonnet – Etude de la structure fine des éléments transposables (Classe I, II, III) et mise en place d’une banque de données nucléiques servant à l’analyse des séquences ESTs et BACs chez le blé tendre.

2001 - S. Moulin – Traitement de données génomiques concernant un premier ensemble de gènes de graminées et premières approchez statistiques..

1995 - I. Mit - Cartographie de marqueurs moléculaires de type microsatellite sur le génome du blé tendre.

1994 - C. Ragot - Etude des possibilités d'utilisation des marqueurs génétiques de type microsatellite chez le blé tendre (Triticum aestivum L.).

1987 - P. Sourdille - Mise au point d'un protocole de détection du polymorphisme des gènes ribosomiques du maïs à l'aide de sondes non radioactives.

1986 - I. Vernet - Analyse moléculaire des cytoplasmes mâles stériles chez le maïs.

 

MasterPro

2008 - A. Bernard – optimisation du pipeline d’annotation automatique de séquence BAC de blé/orge : TriAnnot (MasterPro Clermont-Ferrand) (6 mois – 17 M   ars 2008 / 12 Septembre 2008)

 

DESS - LICENCE PRO

2006 - A. Bernard – Développement d’une interface WEB pour la gestion des liens sur gènes, cartes et séquences BAC de blé, dans le cadre du projet INRA TriAnnot. (IUT Aurillac) (4 mois)

2005 - D. Mabru – Identification des gènes HGA chez le blé tendre, le riz et le sorgho à partir du locus Rph7 de l’orge.

2003 - V. Neveu – Recherche et annotation de gènes chez le blé tendre.

2002 - B. Laubin – Développement d’une plateforme de cartographie In Silico.

2000 - J. Campagne - Analyses semi-automatique de séquences nucléotidiques de blé tendre : programmation C++.

1994 - B. Ortion - Amélioration du logiciel de gestion des données de cartographie génétique chez le blé tendre : "LEBOUQUIN" (Système pour la Lecture et l'Enregistrement de données du Blé et de l'Orge et un Utilitaire pour QUestionner avec une Interface Naturelle).

 

DUT

2010 – Céline Pelegrin – Evaluation du pipeline d’annotation automatique TriAnnot (IUT Aurillac) (5 mois)

 

ECOLE D’INGENIEUR

1996 - MC. Savary - Les marqueurs génétiques moléculaires de type microsatellite chez le blé tendre. Stabilité, Caractérisation et Cartographie.

1995 - M. Fau - Contribution à la cartographie génétique du blé tendre : Amplification de microsatellites et recherche de polymorphisme. Identification de régions chromosomiques intervenant dans l'expression de caractères quantitatifs.

1989 - P. Sourdille - Utilisation des RFLP en vue de l'identification variétale et la recherche de QTL chez le maïs.

1986 - S. Tixier - Mise au point d'une méthode non radioactive de détection de l'ADN. Application à la recherche du polymorphisme nucléaire chez le maïs.

 

 

 

 

 

 

 

CDD

2013-2015Aurélien BERNARD - Programme LifeGrid/FEDER, Pipeline d’annotation automatique TriAnnot – 7 partenaires au total. (24 mois – 15 Juillet 2013 / 15 Juillet 2015)

2010-2011Aurélien BERNARD - Programme 3BSEQ, Développement d’une version parallélisée sur cluster du pipeline d’annotation automatique TriAnnot (TriAnnot Pipeline V3.0) (12 mois – 1er Avril 2010 / 31 Mars 2011)

2007-2008

 Aurélien BERNARD - Programme LifeGrid, Développement d’un pipeline d’annotation de séquences génomiques d’espèces végétales sur la grille AUVERGRID – TriAnnotPipelineGRID (3,5 mois 15 Septembre 2008 / 21 Décembre 2008)

Franck GIACOMONI - Programme LifeGrid, Développement d’un pipeline d’annotation de séquences génomiques d’espèces végétales sur la grille AUVERGRID – TriAnnotPipelineGRID (12 mois)

Christian CHARPENTIER - Programme LifeGrid, Développement d’un pipeline d’annotation de séquences génomiques d’espèces végétales sur la grille AUVERGRID – TriAnnotPipelineGRID (8 mois -démission)

Saïd KARFANE - Programme LifeGrid, Développement d’un pipeline d’annotation de séquences génomiques d’espèces végétales sur la grille AUVERGRID – TriAnnotPipelineGRID (1 mois - démission)

2005 - Emmanuelle GICQUELOT - Programme INRA, Mise en place du pipeline d’annotation automatique de séquence BAC « bacAnalysis.pl » sur la plate forme de l’URGI – mise en place d’un serveur WEB - recrutement AgriObtention (4 mois) – co encadrant F. Legeai (URGI)

2005 - Anne-Marie HENRY - Programme Génoplate M2, Développement d’un jeu de données de gènes expertisés pour l’entraînement du prédicteur de gène EUGENE - recrutement INRA (6 mois)

2004 - Bastien LAUBIN - Programme Génoplante, Cartographie In silico du chromosome 5D du blé tendre – recrutement Bioplante (12 mois)

2003 - Laurence AMILHAT - Programme Génoplante, annotation de séquences EST – recrutement Bioplante (11 mois)

2002 - Bastien LAUBIN - Programme Génoplante, annotation de séquences BAC – recrutement Biogemma (12 mois)

2001 - Laurence AMILHAT - Programme Génoplante, annotation de séquences EST – recrutement Biogemma (18 mois)

2001 - Delphine SIMON - Programme Génoplante, annotation d’éléments transposables – recrutement Aventis (Ezus)

             (12 mois)

2001 - Hafed NEDJARI - Programme Génoplante, Réannotation de gènes – recrutement NFS (6 mois)

1993 - Jean-Claude. CAISSARD - Programme Génoblé Phase I - recrutement GNIS (6 mois).

 

ENCADREMENT DE MINI-PROJET (DESS OU ECOLE D’INGENIEUR)

2013-2014C. Vernette, F. Pillot, R. Pelegrin, Loréline Subra (projet IUT Aurillac)

Annotation fonctionnelle des génomes de plantes.

2005-2006 - S. Dumont, A. Guillou, F. Verrier (projet CUST)

Conception et développement d’une application de détermination de domaines protéiques sur UNIX.

2004-2005 - M.A. Oison, R. Viaux-Cambuzat, C. dos Santos, A. Amian, F. Gravelat (projet CUST)

Conception et développement d’une application de détermination de domaines protéiques sur PC.

2003-2004 - J. Ducreux, T. Ferrere, F. Guilloteau, F. Delobel (projet CUST) :

Installation d’une interface graphique pour l’annotation de séquence BAC

2002-2003B. Laubin (projet U. Blaise Pascal)

Automatisation du traitement de séquences BAC

2000-2001 - C. Ganachaud, M. Bonnet, J. Braud, S. Richard (projet CUST)

Mise au point d’un programme automatique de récupération des séquences sur les serveur WEB à partir du code ID.

1999-2000 - O. Barreto; C. Gadaix; JF. Sancho (projet SIAD)

Automatisation du traitement de séquences d'ADN génomique enrichie en microsatellites chez le blé

 

STAGE DE FORMATION

2001 - S. Petot – Développement d’une plate-forme de traitement d’ESTs. (Coll. IN2P3)

1988 - C. Tatout - Applications de la PCR pour l'étude du polymorphisme génétique chez le maïs.

 

TUTORIAUX Pipeline TriAnnot

2014 –  2-9 Novembre, IEB (Laboratoire Jaroslav DOLEZEL), Olomouc, Czech Republic. Formation (12 personnes) dans le cadre du projet de séquençage et d’annotation des chromosomes 3DS, 4A et 7DS  de blé tendre dans le cadre de l’IWGSC (International Wheat Genomic Sequencing Consortium)

2013 –  13-17 Mai, Maximo Rivarola du CONICET, Buenos Aires, Argentine est venue au GDEC de  Clermont-Ferrand pour une formation personnalisée dans le cadre du projet de séquençage et d’annotation du chromosome 4D de blé tendre en collaboration avec Marcello Helguera membre de l’IWGSC (International Wheat Genomic Sequencing Consortium)

2013 –  21-22 Février, Patricia Faivre-Rampan du CNRGV, Evry est venue au GDEC de  Clermont-Ferrand pour une formation personnalisée dans le cadre du développement d’un TriAnnot-chêne

2012 – 13 Novembre, Premier workshop transPLANT, INRA Versailles, France ~50 participants

2012 – 7-8 Novembre, CNRGV, INRA Toulouse, France ~6 participants

2012 – 17 Janvier, PAGXX, San Diego USA – IWGSC session “Standard and Protocols” ~40 participants

 

ORGANISATION de Journées Thématique – DE^CODAGE

2013 – 26 Avril, INRA de Toulouse – Annotation des ARN non-codants chez les procaryotes et les eucaryotes. Trois invités : Hervé Sietz (IGH, CNRS) ; Pascale Romby (IBMC,CNRS); Christine Gaspin (MIAT, INRA). Financement Gdr BIM (1,5 K€) -   17 participants

 

2012 – 30 Mars, INRA de Versailles – Annotation des Eléments Transposables chez les procaryotes et les eucaryotes  Cinqs invités : H. Quesneville ; Isabelle Luyten (URGI Versailles); Michael Chandler ; Patricia Siguier (LMGM, Toulouse) ; Romain Guyot (IRD, Montpellier). Financement appel d’offre GdR BIM (2 K€) -   ~20 participants

 

ENSEIGNEMENTS

2014 - Institut Universitaire de technologie – IUT Clermont-Ferrand à Aurillac. Cours 2 heures

2013 - Institut Universitaire de technologie – IUT Clermont-Ferrand à Aurillac. Cours 2 heures

2012 - Institut Universitaire de technologie – IUT Clermont-Ferrand à Aurillac. Cours 2 heures

2007 - Institut Universitaire de technologie – IUT Clermont-Ferrand à Aurillac. Cours & TP 13 heures

2006 - Centre Universitaire des Sciences & Techniques – CUST Clermont-Ferrand. TP 3 heures

2006 - Centre Universitaire des Sciences & Techniques – CUST Clermont-Ferrand. Cours 2 heures

2006 - Institut Universitaire de technologie – IUT Clermont-Ferrand à Aurillac. Cours 3 heures

2006 - Centre Universitaire des Sciences & Techniques – CUST Clermont-Ferrand. TP 5 heures

2005 - Centre Universitaire des Sciences & Techniques – CUST Clermont-Ferrand. Cours 3 heures

2004 - Etablissement National d’Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon. Cours 3 heures

2004 - Centre Universitaire des Sciences & Techniques – CUST Clermont-Ferrand. Cours & TD 8 heures

2003 - Centre Universitaire des Sciences & Techniques – CUST Clermont-Ferrand. Cours & TP 16 heures

2003 - Etablissement National d’Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon. Cours 2 heures

2002 - Centre Universitaire des Sciences & Techiques – CUST Clermont-Ferrand. Cours 5 heures & TD 3heures

2001 - Centre Universitaire des Sciences & Techiques – CUST Clermont-Ferrand. Cours 2 heures

2000 - Centre Universitaire des Sciences & Techiques – CUST Clermont-Ferrand. Cours 6 heures

2000 - Centre d'Initiation à l'Enseignement Supérieur – Ecole Normale Supérieure de Lyon. Cours 12 heures

1993 - Université Pierre et Marie Curie - Module Biotechnologie Végétale – Paris. Cours 6 heures

 

Review d’articles scientifiques

2008 – BMC Genomics - Assessment of adaptive evolution between wheat and rice as deduced from the full-length cDNA sequence data and the expression patterns of common wheat – Kawaura et al.

2004 – Euphytica – SSR markers associated with fertility restoration genes against Triticum timopheevii cytoplasm in Triticum aestivumZhou et al.

2001 – Theo Appl Genet – Development and use of a dense inter-varietal molecular marker linkage map for QTL detection for agronomic traits in wheat – Sourdille et al.

 

Coordinations, Animations

2013 – 2015 : Coordinateur projet LifeGRID/FEDER « Annotation structurale et fonctionnelle automatique des génomes de plantes couplée à un Système d’Information »  - budget 93,364 k€.

2010 – 2013 : Coordinateur de la Communauté d’Annotation des Génomes – DE^CODAGE.

2010 – 2013 : Coordinateur de la tâche 2.2 dans le cadre du projet ANR blanc 3BSEQ coordonné par C. Feuillet.

2008 – 2012 : Coordinateur de la tâche 5.4 dans le cadre du projet européen TriticeaeGenome coordonné par C. Feuillet.

2006 – 2009 : Coordinateur projet LifeGRID/FEDER « TriAnnotPipelineGRID » - budget 80 k€.

2006 – 2007 : Coordinateur Génoplante pour la Thématique Bioinformatique BiIntEnvPg (BIEP) – volet Génomique – correspondant auprès de la Plate Forme bioinformatique « Génoplante Info » à Evry.

2004 – 2005 : Coordinateur Génoplante pour la Thématique Bioinformatique M2 – aspect Blé – correspondant auprès de la Plate Forme bioinformatique « Génoplante Info » à Evry.

2000 – 2004 : Coordinateur de la Thématique Génoplante Espèce Blé pour les aspects Bio-Informatique (avec P. Dufour de Biogemma jusqu’en Janvier 2003 puis S. Praud jusqu’en janvier 2004) – CP1p7 phase I & II – correspondant auprès de la Plate Forme bioinformatique « Génoplante Info » à Evry.

1999 – 2000 : Création & Animation du GBIA (Groupe Bio-informatique Auvergne).

 http://grain.jouy.inra.fr/GBIA/gbia.html

1992 – 2000 : Coordinateur de la Base Miroir Internationale Graingenes (coll. C. Caron (DI) & D. Matthews Cornell U.)

1997 – 2000 : Coordinateur de l'IWMMN (International Wheat Microsatellite Mapping Network).

1992 – 1997 : Représentant français au sein de l'ITMI (International Triticeae Mapping Initiative).

1992 – 1997 : Création & Animation du FTMI (French Triticeae Mapping Initiative).

1992 – 1995 : Coordinateur & Responsable du programme Génoblé Phase I.

1992 – 1993 : Création & Animation du Groupe Génome Auvergne.

1985 – 1991 : Coordinateur & Responsable du Programme EUREKA "EUR290"

 

 

 

Chapitre d’Ouvrage

Leroy P, Merlino M, Nègre S, Caissard JC, Sourdille P, Lu YH, Bernard M (1995) Non-radioactive methods of detection on Southern blots. In Plant Molecular Biology, A Laboratory Manual. Melody S. Clark (ed), Springer-Verlag, pp 41-52.

 

Choulet F, Caccamo C, Wright J, Alaux M, Simkova H, Safar J, Leroy P, Dolezel J, Rogers J, Eversole K, Feuillet C (2014) Chapter 17 - The Wheat Black Jack: Advances Towards Sequencing the 21 Chromosomes of the Bread Wheat Genome. In Genomics of Plant Genetic Resources, R. Tuberosa, Graner, A., Frison, E. (Eds.), ed (Springer Netherlands), pp. 405-438.

 

Fait Marquants INRA

Leroy P (2011) TriAnnot: une chaîne de traitement pour annoter le génome des plantes. Zoom n°8 - 2013, INRA – Centre de Clermont-Ferrand - Theix

 

Vulgarisation

Leroy P, Ramousse O (1999) La Digoxigénine, une technique de marquage non radioactive en génétique des plantes; réflexions sur son utilisation. INRA Mensuel 99:49-51

Leroy P (1995) Cartographie génétique moléculaire du génome du blé tendre. Bilan et perspectives. Levier du Future, Clermont Ferrand, 25-29 Avril 1995

Caron C, Leroy P (1999) Graingenes, une base de données internationales pour les graminées. Editeur de Liens 13:15-22.

 

Articles Electroniques - Interview

Danielle Venton, EGEE (2008) Feature - Wonderful wheats: automating the search for new genes. International Science Grid this Week. http://www.isgtw.org/?pid=1000969

 

Philippe Leroy (2012) La Minute Recherche – TriAnnot : pour cultiver le blé de demain. Université Blaise-Pascal. http://www.univ-bpclermont.fr/article2043.html

 

Dépôt de séquences dans EMBL

ID : TAE420778. Acc : AJ420778 (02-FEB- 2002) Triticum aestivum partial mRNA for putative fructose 1-, 6- biphosphate aldolase. Lamoureux D, P. Leroy, Bernard M

 

Acc : FJ666341 (Triticum aestivum, oxidoreductase putative, partial CDS) ; FJ666342 (Triticum aestivum plasma membrane ATPase 1 gene, partial  Sequence ; 5B chromosome); FJ666343 (Triticum aestivum plasma membrane ATPase 1 like gene, partial Sequence, 5D chromosome); FJ666344 (Triticum aestivum, SSR marker cfb331, locus amplified on chromosome 5B within ATP binding protein gene on 5BS-6 deletion bin, linked to SKr gene); FJ666345 (SSR marker cfb331, locus amplified on chromosome 5D within ATP binding protein gene on 5DS-2 deletion bin ) ; FJ666346 (Triticum aestivum ATP binding protein putative gene. Contains  SSR cfb331. partial CDS). Soumission faite par P. Leroy pour Walid Alfares

 

Dépôt APP

BacAnalysis Pipeline         : IDDN.FR.001.100015.000.S.P.2004.000.10000

Cerutti L, Laubin B, Legeai F, Leroy P

 

TriAnnotPipeline V1.0       : IDDN.FR.001.050008.000.R.C.2006.000.31235

Gicquello E, Laubin B, Cerutti L, Legeai F, Leroy P

 

Développement & Maintien de site WEB

JOBIM                                                 http://www.inra.fr/jobim2015   – Edition et mise à jour du contenu

 

TriAnnot                                              http://www.clermont.inra.fr/triannot  – Edition et mise à jour du contenu

DE^CODAGE                                     http://www.inra.fr/decodage/ - WebMaster

Site personnel                                      http://www.phleroy.fr  - WebMaster

 

French Grain Mirror Site                    http://grain.jouy.inra.fr/ - n’est plus visible